- 1987 - Mga Lalaki sa Dilim (Men in the Dark)
- 1991 - Ang Lihim ng San Roque (The Secret of San Roque)
- 1993 - Ang Kuweba (The Cave)
- 1995 - Mga Anak ng Dilim (Children of the Dark)
- 1997 - Maynila sa mga Kuko ng Liwanag (Manila in the Claws of Light)
- 1999 - Dekada '70 (The '70s)
- 2001 - Mga Gunita ng Isang Guardia Sibil (Memories of a Guardia Sibil)
- 2003 - Maynila (Manila)
- 2005 - Ang Panahon ng Halimaw (The Age of Monsters)
- 2007 - Ang Unang Pangulo (The First President)
- 2009 - Ang Makasaysayang Paglalakbay ni Apolinario Mabini (The Historical Journey of Apolinario Mabini)
- 2011 - Ang Huling Heneral (The Last General)
- 2013 - Ang Supremo (The Supreme)
- 2015 - Ang Katipunan (The Katipunan)
- 2017 - Ang Republika (The Republic)
- 2019 - Ang Bayan (The Nation)
- 2021 - Ang Kalayaan (The Freedom)
Short Story Collections
- 1989 - Mga Kwento ng Salamin at Usok (Stories of Glass and Smoke)
- 1992 - Mga Katha (Writings)
- 1994 - Ang Aklat ng mga Kuwento (The Book of Stories)
- 1996 - Mga Katha II (Writings II)
- 1998 - Mga Katha III (Writings III)
- 2000 - Mga Piniling Katha (Selected Writings)
- 2002 - Mga Bagong Katha (New Writings)
- 2004 - Mga Piling Katha ni Reynaldo Marcos Padua (Selected Writings of Reynaldo Marcos Padua)
- 2006 - Mga Katha V (Writings V)
- 2008 - Mga Katha VI (Writings VI)
- 2010 - Mga Katha VII (Writings VII)
- 2012 - Mga Katha VIII (Writings VIII)
- 2014 - Mga Katha IX (Writings IX)
- 2016 - Mga Katha X (Writings X)
Essays and Articles
- 2004 - Ang Literatura ng Pilipinas (Philippine Literature)
- 2006 - Ang Kasaysayan ng Pilipinas (Philippine History)
- 2008 - Ang Kultura ng Pilipinas (Philippine Culture)
- 2010 - Ang Lipunan ng Pilipinas (Philippine Society)
- 2012 - Ang Pulitika ng Pilipinas (Philippine Politics)
- 2014 - Ang Ekonomiya ng Pilipinas (Philippine Economy)
- 2016 - Ang Edukasyon sa Pilipinas (Philippine Education)
- 2018 - Ang Kalusugan sa Pilipinas (Philippine Health)
- 2020 - Ang Teknolohiya sa Pilipinas (Philippine Technology)